Para la creación de WebMs es necesario contar con ffmpeg, en Windows el ejecutable (ffmpeg.exe) se encuntra en la página oficial de la persona que lo distribuye (https://ffmpeg.zeranoe.com/builds), mientras que en la última actualización de Ubuntu está de vuelta sin necesidad de descargarlo. De lo contrario, se pueden agregar fácilmente los repositorios de Debian Multimedia a /etc/apt/sources.list (http://deb-multimedia.org), y luego necesitamos aplicar update y upgrade.
En Windows para poder trabajar con ffmpeg, necesitamos ponerlo en una carpeta que sea de fácil acceso, como C:/Users/usuario/w; ya que trabajaremos más adelante desde la ventana de comandos (cmd.exe). Podemos abrir dicha ventana con Tecla de Windows + R, o escribir "cmd.exe" en la búsqueda de programas en el menú inicio. Cuando abrimos el programa, este se abre en la carpeta del usuario, así que sólo necesitamos navegar a la carpeta que creamos antes con "cd" (change directory, cambiar de carpeta en inglés). No es necesario crear una carpeta especial, es sólo por comodidad, se puede usar cualquiera.
Para ir a C://Users/usuario/w:
cd w
Para ir a una carpeta distinta, ejemplo Videos>ffmpeg>webms
cd Videos/ffmpeg/webms
En Linux, simplemente se necesita escribir ffmpeg más los parámetros necesarios. Si se quiere trabajar con avconv muchas de los parámetros sirven, mientras que otros no, además de que ya no está siendo desarrollada activamente.
Ya listo para trabajar, en ambas plataformas es casi 100% lo mismo.